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1. 椴树科广义蚬木属的系统学研究.
2002－2004. 国家自然科学基金。主持人
2. 马先蒿属植物及其传粉昆虫的比较地理学研究.
2002－2004. 国家自然科学基金。主持人
3. 横断山区干旱河谷变化趋势及可持续发展.
2002－2003. 国家973专题。主持人
4. 干旱河谷的环境演变.
2003-2005. 教育部振兴计划。主持人
5. 环境变化对果树传粉昆虫多样性的影响研究。2003。FAO和国际山地综合发展中心项目。主持人。
6. 四川邛崃、大邑地区植物多样性调查。2004年。美国北美亚洲植物研究会项目。主持人。
7. Investigation on sources of
materials flows in Qionglai, Sichuan. 2004.IfaS. 主持人
8. 干旱河谷可持续发展战略研究。4万元人民币。2005－2006。四川大学软课题项目。主持人。
9. 长江上游坡耕地生态系统可持续发展途径研究。2002－2004。中国科学院院长基金项目。主持人
10. 《中国植物志》英文版5个科的编著。2003－2006。国家自然科学国际合作基金重大项目的内容。独立承担。
11. 青藏铁路的社会经济和自然影响。2003。中国科学院院士咨询项目，主要参加人员。
12. 中国四川西南部螺髻山生物多样性与环境综合考察。2005年。与美国哈佛大学合作项目。主持人
13. 四川熊蜂多样性与环境关系研究。2005年。教育部人才引进重点项目。主持人。
14. 珠穆朗玛峰综合科学考察――生物多样性和环境对全球变化的响应。2005－2006。中国科学院方向性项目和国家科技部项目专题。主要参加人员。
15. 锦葵目火绳树属的系统发育和分类学研究。2006－2008.国家自然科学基金。主持人。
16. 贡嘎山冰川退化迹地土壤演化研究。2005-2006。中国科学院贡嘎山生态站项目。主持人。
17. 四川小凉山地区植物考察。2006。与加拿大UBC大学合作项目。主持人。
18. 长江上游环境再评估。2006-2007。中国科学院院士咨询项目。主要参加人员。
19. 珠峰北坡生物适应性研究。2005－2009。973项目“青藏高原环境变化及其对全球变化的响应与适应对策”专题。主持人。
20. 城市可持续行动项目。2007年。美国加州大学Berkeley分校合作项目。主持人。
21. 四川九寨沟可持续发展的生态与环境研究。2007-2009。四川大学、九寨沟管理局和美国加州大学合作项目。主持人。
22. 九寨沟湿地的结构与功能。2007-2008。教育部国际合作项目。主持人。
23. “小流域泥沙综合治理技术与示范”。2006-2010。科技部支撑项目“西南重大水电工程区生态保护与泥石流滑坡防治技术开发”专题。主持人。
24. 茅台酒原产地生态环境研究。2007-2009。贵州科技厅茅台联合基金项目。首席科学家。
25. 嘛咪泽凹叶木兰现状调查。2007。比利时富兰克林基金会。主持人。
26. 四川大风顶地区原始植物集中分布调查。2007。比利时富兰克林基金会。主持人。
27. 可持续能源管理系统—中国专题。2006-2009。欧盟项目。主持人。
28. 木本饲料发展规划及树种选择研究。2007-2008。四川省宁南县科技局。主持人。
29. 四川-瑞士生态旅游国际会议。2007。瑞士国家基金会项目。主持人。
30. 山地资源工程与生态安全。2008-2012。教育部引智基地项目。执行人。
31. 蚕桑产业链研究。2007-2009。四川省科技厅富民强县项目。主持人。
32. 四川嘛咪泽保护区凹叶木兰繁殖生物学及天然繁殖研究。2008。比利时富兰克林基金会。主持人。
33. 金沙江下游大型水电站库区植物多样性调查。比利时富兰克林基金会。2008。主持人。
34. 四川五小叶槭野外现状调查。2008。比利时富兰克林基金会。主持人。
35. 金沙江下游大型水电站建设对自然保护的影响。2008。英国RSG项目。主持人。
36. 九寨沟湖群景观格局时空变异及湖泊沼泽化预测。2008。教育部国际合作项目。主持人。
37. A demonstration of livelihood restoration
and improvement through integrating multipurpose trees with farming in the
5.12 earthquake struck areas.2008. 英国驻重庆总领事馆项目。主持人。
38. 水土流失调查。2008-2009。四川蜀水公司委托项目。主持人。
39. 旅游区栈道的环境影响及健康风险。2010。教育部“促进与美大地区科研合作与高层次人才培养项目”。主持人。
40. 长江上游生物多样性保护研究。2010。比利时富兰克林基金会。主持人。
41. 土壤重金属污染快速检测及空间风险评价研究。2009-2010。四川科技厅国际合作项目。主持人。
42. 大气沉降对世界自然遗产地九寨沟的影响研究。2010-2012。科技部国际合作项目。主持人。
43. 湿地动植物鉴定分析与植物苗木培育。2010-2011。中科院地理所委托项目。主持人。
44. 野生菊花、淫羊藿的野外样本采集及其遗传多样性分析。2011。中科院武汉植物园委托项目。主持人。
45. 茅台酒功能保护区种质资源研究。2009-2012。贵州省科技厅-茅台联合基金。35万元。主持人。
46. 九寨沟森林植被对水体养分贡献研究。2011。教育部“促进与美大地区科研合作与高层次人才培养项目”。主持人。
47. 生态建设与保护工程对区域气候变化适应能力的影响及对策。2010-2014。973子课题。主持人
48. 五粮液老窖池群生态环境优化研究。2013-2015。宜宾五粮液股份有限公司与四川大学合作项目。主持人。
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